De Mondriaan Stichting is een zelfstandig bestuursorgaan en valt onder de werking van de Algemene wet bestuursrecht. Dit betekent dat aanvragers bezwaar kunnen maken als zij het niet eens zijn met een besluit. Dat kan als de aanvraag is afgewezen, maar ook als de Mondriaan Stichting een ander bedrag toekent dan was aangevraagd. Ook is bezwaar mogelijk als er bij het vaststellen van de definitieve bijdrage wordt afgeweken van de toezegging. De termijn waarbinnen iemand bezwaar kan maken bedraagt zes weken na de dag waarop de beslissing is bekendgemaakt.
In de beoordeling van het bezwaar staan het bezwaarschrift en de toelichting die daarop wordt gegeven bij een eventuele hoorzitting centraal. In de bezwaarprocedure wordt het besluit integraal heroverwogen; de heroverweging blijft dus niet beperkt tot een procedurele of juridische toetsing. Belangrijk is ook dat de belanghebbende nieuwe informatie kan verschaffen, die bij het nemen van een besluit over het bezwaar wordt meegewogen.
Wanneer u klachten heeft over de Mondriaan Stichting (behandeling door medewerkers etc.) kunt u deze indienen bij de directiesecretaris.